Bei der Entstehung einer Glutenunverträglichkeit spielen offenbar verschiedene Faktoren eine Rolle; der genaue Wirkmechanismus aber, wie diese Faktoren zusammenspielen, ist noch unbekannt. Zum einen sind in der Regel bestimmte genetische Bedingungen bei den an Glutenunverträglichkeit Erkrankten vorhanden, die das Risiko zu erkranken beeinflussen. Des Weiteren kommen auch Umwelteinflüsse oder ansteckende Erkrankungen infrage, die Unverträglichkeit mitauszulösen.

Bei der Aufnahme von Gluten mit der Nahrung reagiert das Immunsystem bei Glutenunverträglichkeit damit, dass es Antikörper ausschüttet; diese richten sich jedoch gegen den eigenen Körper. Dadurch kommt es zu einer Entzündung der Darmschleimhaut.

Verschiedene Nachweise können die Diagnose Glutenunverträglichkeit bestätigen.

Zuerst können in einer Blutuntersuchung die vorhandenen Antikörper bestimmt werden. Während sowohl Menschen mit als auch Menschen ohne Glutenunverträglichkeit Gliadin-Antikörper besitzen, sind Endomysium- sowie Gewebs-Transglutaminase-Antikörper nahezu ausschließlich bei an Glutenunverträglichkeit Erkrankten zu finden. Eine Analyse von Darmgewebe kann die Diagnose bestätigen: Eine Glutenunverträglichkeit liegt zumeist vor, wenn im Gewebe Immunzellen zu finden und die Zwischenräume der Darmzotten vertieft sind. Auch die Verbesserung des Zustands bei Vermeidung der Glutenaufnahme gilt als Bestätigung der Diagnose Glutenunverträglichkeit.

Bei einer Glutenunverträglichkeit müssen im Alltag viele Dinge beachtet werden. Zunächst sollte alles, was mit der Zubereitung der Nahrung zusammenhängt, gründlich von glutenhaltigen Spuren befreit werden. Auch kleine Mengen von Gluten können eine Entzündung hervorrufen, deshalb muss grundsätzlich auf eine strikte Trennung glutenfreier und glutenhaltiger Lebensmittel geachtet werden. Auch die Geräte und Hilfsmittel, die zur Vorbereitung der Mahlzeiten genutzt werden, sollten jeweils nur für glutenfreie oder -haltige Nahrung verwendet werden.

Seltener vorkommende Ausprägungen der Glutenunverträglichkeit können nicht durch das Einhalten von glutenfreier Kost behandelt werden, sondern erfordern eine das Immunsystem unterdrückende medikamentöse Behandlung.