Bei der Entstehung einer Glutenunverträglichkeit spielen offenbar verschiedene Faktoren eine Rolle; der genaue Wirkmechanismus aber, wie diese Faktoren zusammenspielen, ist noch unbekannt. Zum einen sind in der Regel bestimmte genetische Bedingungen bei den an Glutenunverträglichkeit Erkrankten vorhanden, die das Risiko zu erkranken beeinflussen. Des Weiteren kommen auch Umwelteinflüsse oder ansteckende Erkrankungen infrage, die Unverträglichkeit mitauszulösen.

Bei der Aufnahme von Gluten mit der Nahrung reagiert das Immunsystem bei Glutenunverträglichkeit damit, dass es Antikörper ausschüttet; diese richten sich jedoch gegen den eigenen Körper. Dadurch kommt es zu einer Entzündung der Darmschleimhaut.

Bei der Glutenunverträglichkeit reagiert das Immunsystem der Betroffenen bei der Aufnahme von Gluten in übermäßiger Weise und ruft eine Entzündung der Schleimhaut des Darmes hervor.

In der Regel wird Gluten, ein Eiweiß, das zumeist in Getreide zu finden ist, über die Nahrung aufgenommen. Gluten kann jedoch nicht nur in Getreide oder Getreideprodukten enthalten sein, sondern auch in Farb- oder Aromastoffen oder beispielsweise Kosmetik. Das Immunsystem bekämpft bei Aufnahme von Gluten eigene Zellen des Körper und kann so eine Schädigung des Darms hervorrufen. Dadurch kann unter Umständen die Aufnahme von Nährstoffen eingeschränkt werden. Die Glutenunverträglichkeit ist eine chronische Krankheit, der einzige Behandlungsmöglichkeit eine strikte Diät ist.

Verschiedene Nachweise können die Diagnose Glutenunverträglichkeit bestätigen.

Zuerst können in einer Blutuntersuchung die vorhandenen Antikörper bestimmt werden. Während sowohl Menschen mit als auch Menschen ohne Glutenunverträglichkeit Gliadin-Antikörper besitzen, sind Endomysium- sowie Gewebs-Transglutaminase-Antikörper nahezu ausschließlich bei an Glutenunverträglichkeit Erkrankten zu finden. Eine Analyse von Darmgewebe kann die Diagnose bestätigen: Eine Glutenunverträglichkeit liegt zumeist vor, wenn im Gewebe Immunzellen zu finden und die Zwischenräume der Darmzotten vertieft sind. Auch die Verbesserung des Zustands bei Vermeidung der Glutenaufnahme gilt als Bestätigung der Diagnose Glutenunverträglichkeit.